As fases de aplicação da pena

A doutrina clássica, com base na regra do artigo 68 CP, estabelece que a aplicação das penas deve obedecer a 3 fases:

•Na primeira fase o juiz fixa a PENA-BASE;
•Na segunda fase ele utiliza todas as ATENUANTES e/ou AGRAVANTES para realizar um novo cálculo aumentando ou diminuindo a pena;
•Na terceira fase ele observa se há CAUSAS DE DIMINUIÇÃO ou AUMENTO da pena.
No tocante a esse tema, ao meu ver, o ilustre penalista Luiz Flávio Gomes tem doutrinado de forma impecável. Para este autor a aplicação das penas deve obedecer nove fases:
1a. Escolha da pena quando alternativas (pois há crimes que possuem penas alternativas, tipo 135 CP, e o critério será o do art. 59CP para escolher uma ou outra);
2a. Fixação da pena de prisão, aqui sim, pelo critério trifásico de Nelson Hungria (pena-base, atenuantes e agravantes, causas de diminuição e de aumento, siga a ordem do 68CP);
3a. Quantificação da pena de multa, aqui pelo sistema bifásico do art. 49CP. Em que pese, eu entenda que multas que nem a do art. 33 da Lei de Drogas, que trazem limite máximo e mínimo, devem também passar pelo sistema trifásico;
4a. Aplicação de eventual efeito específico da condenação, art. 92 CP;
5a. Eventual substituição da prisão por pena ou penas alternativas (analisar os artigos 43 e 44 CP);
6a. Eventual aplicação do sursis (77CP);
7a. Fixação do regime inicial de cumprimento de pena, analisar o art. 33, parágrafo 2o. CP;
8a. Deliberação sobre o direito de apelar em liberdade;
9a. Determinações finais (mandado de prisão, custas etc).
(Observação extemporânea ao tópico, feita em 13.12.2013: parece oportuno dizer que hoje teríamos mais uma fase, seria a 10.a.  Trata-se de o juiz analisar o cabimento de se aplicar a detração penal já na sentença, o que inclusive influiria na fixação do regime prisional do preso. Não devemos esquecer a mudança que a Lei 12.736/2012 trouxe no CPP, art. 387)
Luiz Flávio Gomes foi o único penalista que li que alertou para esta particularidade: não são 3 fases de aplicação de pena, são 9.
Apesar de toda a sua cultura jurídica, Luiz Flávio Gomes ensina de forma diferente o apenamento, principalmente no tocante à fixação das causas de aumento e de diminuição de pena (3a. fase do critério trifásico).
Por mais incrível que pareça, o assunto aplicação de penas é pouco discutido na internet e em comunidades de Direito Penal, e reflete diretamente nos anos (a mais) que uma pessoa ficará atrás das grades.
A meu ver, teoriza-se muito sobre crimes e pouco sobre penas no Brasil, o que além de absurdo é desumano.
No que pertine ao concurso homogêneo misto de causas de aumento (exemplo: dois roubos com arma de fogo em concurso formal), defende o ilustre penalista (Luiz Flávio Gomes) que deveria ser adotado o princípio da incidência isolada (o segundo aumento não recai sobre a pena já aumentada).
Disso divergem uma série de autores, entre eles o não menos ilustre André Estefam, que defende a incidência cumulativa de penas (uma incidiria s/ a outra).
No tocante ao concurso homogêneo de duas causas de aumento da parte geral, Luiz Flavio Gomes defende novamente a incidência isolada. Mas se forem de diminuição, aqui a incidência seria cumulativa.
Se houver uma causa de diminuição na parte geral e outra na parte especial (homicídio privilegiado tentato), novamente o autor defende a incidência cumulativa.
André Estefam defende a adoção do princípio da incidência cumulada, seja pra causas de aumento, seja pra causas de diminuição.
Veja-se ainda que o penalista Cezar Bitencourt defende que na segunda fase de aplicação de penas, é possível a pena ficar aquém do mínimo. Diz ele que todos os autores que defendem o oposto, estão equivocados, porque fazem uma 'interpretação analógica desautorizada, baseada na proibição que constava no texto original do parágrafo único do art. 48 do Código Penal de 1940, não repetido, destaque-se na Reforma Penal de 1984' -Tratado de Direito Penal, vol. 1, Saraiva, 2009, pág. 639.
Só estes três entendimentos controversos, o do Luiz Flávio Gomes, do André Estefam e do Cezar Bitencourt já tornam o assunto extremamente interessante e polêmico, merecendo uma análise mais cuidadosa dos doutrinadores e quiçá talvez, do legislador, que deveria tornar mais claro o posicionamento legal.